После того как архиепископа Иоанна (Братолюбова) лишили регистрации, управление епархией перешло в руки Куйбышевского епископа Митрофана, а после его смерти в сентябре 1959 года – в руки Саратовского архиепископа Палладия (Шерстенникова). Из-за политики соглашательства последнего с властями предержащими епархия пришла в полнейший упадок всего за один год.
Архиепископ Палладий намеревался единолично возглавить четыре епархии – Саратовскую, Сталинградскую, Куйбышевскую и Ульяновскую. Ради этого он был готов провести в жизнь все указания властей. Кошман писал о нем: «Он очень редко приезжал в Ульяновск, многие наши предложения он провел в жизнь: сократил штаты по ряду церквей, вместо трех оставил одно благочиние, запретил колокольный звон, дал согласие на удаление из церкви многих активных лиц из числа духовенства, особенно молодежи». Далее он несколько уточняет «заслуги» владыки Палладия: «Нам удалось многих сократить: священников, благочинных и даже епископа Братолюбова. Если в городских храмах было по 6–8 священников, то теперь их стало по 3–4. В ряде сел вместо двух священников стало по одному. Все это сокращение проводилось с согласия епископа Палладия… при епископе Палладии вопрос назначения или перемещения духовенства согласовывался с уполномоченным».
22 марта 1960 года на Куйбышевскую кафедру был определен архиепископ Мануил (Лемешевский). Ему поручили окормление приходов Ульяновской епархии.
Митрополит Мануил (в миру Лемешевский Виктор Викторович) родился 18 апреля 1884 года в городе Луге Санкт-Петербургской губернии. Образование получил в либавской Николаевской гимназии. Затем обучался на юридическом факультете Санкт-Петербургского университета и в Петроградской духовной академии. Окончил высшие библиотечные курсы в Ленинграде в 1919–1920 годы. 2 июня 1911 года принял монашеский постриг. 10 декабря 1911 года его возвели в сан иеродиакона, а 16 сентября 1912 года – в сан иеромонаха. С августа 1912 по август 1916 года иеромонах Мануил был помощником начальника Киргизской духовной миссии Омской епархии в Семипалатинске. Летом 1917 года он был секретарем на предсъездном совещании ученого монашества. В августе 1918 года был в научной командировке в Олонецкой епархии по обследованию и описанию памятников местной церковной старины. 5 августа 1919 года его назначили настоятелем Свято-Троицкой Сергиевой пустыни под Петроградом, а вскоре утвердили настоятелем домовой церкви Александро-Невского общества трезвости. С 1921 по 1923 годы иеромонах Мануил преподавал Священное Писание Ветхого Завета на богословских пастырских курсах в Петрограде. 8 сентября 1923 года в московском Даниловом монастыре возведен в сан архимандрита.
Наречение отца Мануила во епископа Лужского, викария Петроградской епархии, совершил Святейший Патриарх Тихон в присутствии членов Священного Синода и приезжих архиереев, числом более 30 человек, в Михаиловской церкви Донского монастыря. 10 сентября 1923 года в московской церкви святого Димитрия Солунского в Благушах отец Мануил был рукоположен во епископа. Хиротонию совершали Святейший Патриарх Тихон, архиепископ Верейский Иларион, архиепископ Костромской Севастиан и епископ Иерофей, в скором времени ушедший в иосифлянский раскол. В тот же день владыка Мануил был назначен управляющим Петроградской епархией.
Со 2 февраля 1924 года по апрель 1928 года владыка епархией не управлял. С 1924 по 1928 годы он находился в заключении на Соловецком острове. Его ближайшим другом в то время стал священномученик Иларион (Троицкий).
С 25 апреля 1928 года владыка стал епископом Серпуховским, викарием Московской епархии, а с октября 1929 года по 31 января 1930 года носил титул епископа Серпуховского и Каширского.
В 1932 году епископа Мануила вновь арестовали и сослали в Сибирь. В 1939 году его опять арестовали и сослали в лагеря Канска. Осенью 1944 года его наконец освободили.
С ноября 1944 года по 1 февраля 1945 года владыка находился в распоряжении Тамбовского архиепископа святителя Луки (Войно-Ясенецкого).
1 февраля 1945 года епископ Мануил был определен на Чкаловску кафедру. 21 апреля 1946 года на Пасху возведен в сан архиепископа.
С 5 сентября 1948 года по 11 декабря 1955 года владыка епархией не управлял.
В 1948 году его вновь арестовали и сослали сроком на 10 лет в Потемские лагеря (Явасе) Мордовской АССР. В 1955 году его освободили, а в 1956 году – реабилитировали.
21 декабря 1955 года владыка Мануил был назначен временно управляющим Чебоксарско-Чувашской епархией, а 7 февраля 1956 года его утвердили архиепископом Чебоксарским и Чувашским.
22 февраля 1958 года «во внимание к продолжительному и усердному служению святой Церкви удостоен права ношения креста на клобуке». 22 марта 1960 года владыка Мануил был назначен архиепископом Куйбышевским и Сызранским, управляющим приходами Ульяновской епархии.
В своем архипастырском послании к духовенству и мирянам Ульяновской епархии владыка Мануил писал: «Глубоко верю в то, что духовенство и приходские активы верующих помогут мне беспристрастно разрешать наболевшие нужды и нестроения в приходах епархии… Всех вас паки и паки усердно прошу молитв ваших о мне грешном, да сохранит Всемилостивый мои слабые телесные силы для служения Церкви Христовой и да подаст мне мудрость и “право править слово истины”».
Митрополит Мануил личность в истории Церкви довольно спорная, и многие относятся к нему с долей скепсиса. Поэтому следует привести оценку преосвященного, данную в докладе все того же М. Кошмана председателю Совета по делам РПЦ при Совете министров СССР В.А. Куроедову. «В апреле сего года в г. Куйбышев прислан правящим епископом Мануил, переведенный из Чувашской АССР. Совершенно непонятно, почему Совет, вместо ликвидации Куйбышевского епархиального управления, согласился с назначением Мануила в г. Куйбышев… В Вашем докладе на совещании уполномоченных Мануил несколько раз упоминается как активный церковник и реакционная личность. Именно такой он и есть. Мне известно, что он намерен отменить многие письменные указания церквам своего предшественника Палладия, как по его мнению ошибочные… Во время второго посещения меня Мануил выдвинул ряд просьб, направленных на укрепление Церкви. От имени, якобы, верующих он просил решить вопрос с предоставлением помещения под храм в с. Березовке. Добивался моего согласия на расширение штатов в церквах г. Ульяновска».
4 мая 1960 года архиепископ Мануил прибыл в Ульяновск. По случаю его приезда в город съехалось много священников со всей области. Владыка отслужил литургию в Неопалимовском храме, где его встречала огромная толпа верующих. Проход от ворот до входа в храм был устлан коврами и цветами. Преосвященный провел в Ульяновске 10 дней, служил в Мелекессе, все храмы были переполнены. На службах владыка обязательно отмечал наградами местных священников.
Уполномоченный был в бешенстве. Он полагал, что с Церковью при нем покончено, а тут приехал новый архиерей и храмы вновь переполнились верующими. Кошман начал новую войну, закончившуюся на этот раз плачевно для него самого.
О деятельности архиепископа Мануила можно судить по докладу Кошмана, датированному 21 июня 1960 года, то есть всего через месяц после первого появления владыки в Ульяновске. Стоит заметить, что преосвященный Мануил был Куйбышевским архиереем, ульяновские приходы были у него во временном подчинении. Прекрасно справляясь со своей епархией, владыка в то же время успел настолько «замучить» ульяновского уполномоченного, что тот стал практически ежедневно писать неадекватные доклады и письма в Москву, в Совет по делам религий.
Например, Кошман пишет: «Требы в г. Ульяновске и селах области совершались духовенством согласно письменного указания епископа Палладия – все требы отправлять в церкви. Кроме того, при встрече с епископом Палладием по кладбищенской церкви г. Ульяновска мы условились отпевание покойников производить только в храме, т.к. кладбище стоит теперь в центре города, такой порядок одобрялся духовенством церкви. Однако когда появился епископ Мануил, установленные порядки Палладием ему не понравились. Он поднял шум, позже привез последние письменные указания Патриархии о порядке отправления треб, с чем я вынужден согласиться… В настоящее время в селах Оськино и Теньковке по два священника, тогда как там вполне можно иметь по одному священнику. Мои предложения о сокращении в указанных селах по одному священнику епископ Мануил и слушать не желает. Он, наоборот, намерен увеличить число духовенства в ряде храмов. Что даже сделал в храмах с. Оськино и с. Хомутерь».
Кошман оставаться «в долгу» не хотел. Он знал, что архиепископ Мануил покупает для бедных приходов дома и все необходимое. Здесь он и решил сделать владыке предложение, от которого тот не сможет отказаться, то есть попросту его ограбить. «При подготовке сведений Совету о наличии у церкви домов и транспорта мною обнаружены целый ряд нарушений законности со стороны церкви. По согласованию с настоятелями и церковными советами, с их согласия, были проведены ряд практических мер по исправлению нарушений: а) все денежные суммы, полученные церквами от продажи домов и других строений, а также автомашины и лошадей, внести в доход государства. Всего сдано 49,4 тыс[ячи] рублей. Позже Мануил с этим согласился; б) мною рекомендовано здания двух молитвенных домов (в селах Лава и Бирля), все дома, используемые под сторожки поставить на баланс местных органов (всего 16 зданний), с чем также Мануил согласился; в) часть самовольно купленных домов рекомендовано сдать в доход государства (в с. Ивановка, с. Кивать), как пустующие; г) автомашину марки ЗИМ, приобретенную церковью незаконным путем, также рекомендовано сдать в доход государства. Необходимо отметить, что Мануил сначала нажаловался в Совет по многим вопросам, в том числе по вопросу домов и транспорта. Однако когда приехал из Москвы (видимо в Совете поддержали меня, помогли ему уяснить ряд вопросов), Мануил стал неузнаваемый. Он согласился со многими моими предложениями по наведению порядка со строениями и транспорту в церкви. Мануил заявил о своем согласии сдать в госдоход свободный дом – особняк в г. Ульяновске, ул. Бебеля, 25, стоимостью около 200 тыс[яч] рублей и автомашину ЗИМ. Решены и такие вопросы, как назначение священников в с. Кивать, кладбищенскую церковь г. Ульяновска и другие. В заключение всего хочу еще раз напомнить Совету, что Куйбышевскую епархию необходимо обязательно упразднить. Мануила и особенно секретаря Савина от руководства отстранить, как особо активных лиц, борющихся за укрепление церкви. Они по многим вопросам ломятся, как говорят, в закрытую дверь, а клевещат на уполномоченного».
Вполне ясно, по какой причине после посещения Совета в Москве архиепископ Мануил стал сговорчивым. Кошман требовал закрытия не только Куйбышевской, но и ряда других епархий. Возможно, он и добился бы своей цели, но владыка был мудрее уполномоченного. Он уступил и смирился с грабежом, но теперь его было не в чем обвинить в Совете, не было повода для закрытия епархий. 25 февраля 1962 года владыка Мануил был возведен в сан митрополита. А вот Кошман так и не успокоился. Он продолжал слать в Москву истеричные указания к действиям, что, разумеется, сильно раздражало начальство. Наконец, после очередного «поучения» начальству, осенью 1962 года Кошман был снят с должности уполномоченного, а его место занял С. Агафонов.
Он оказался ничем не лучше предыдущего уполномоченного и также жестоко боролся против Церкви. После каждой поездки в Ульяновск владыка Манул заболевал и по нескольку дней не мог встать с кровати и даже говорить с кем-нибудь. Чтобы не связываться с ульяновскими безбожниками, народ стал ездить в Куйбышев – там верующие венчались, крестили своих детей, причащались. Тем не менее, вскоре это стало известно куйбышевскому уполномоченному, и он стал высылать в Ульяновск списки побывавших в Куйбышеве верующих из Ульяновской области.
Агафонов пытался зацепиться хотя бы за что-нибудь, чтобы архиепископа Мануила лишили регистрации. Так он усмотрел нарушение законодательства в письме владыки, разосланном им всем настоятелям приходов. В этом письме владыка запрашивал о состоянии антиминсов, о национальности прихожан (что расценивалось уполномоченным как вмешательство в политические дела), о количестве крестин, погребений и браков, о сумме прихода и расхода храмов, о сумме, внесенной в фонд мира и т.д.
Все это вымотало владыку, он был уже не в силах пережить еще одного уполномоченного, и в 1965 году вышел на покой. За ним сохранялось право служения в Куйбышеве, а 14 декабря 1965 года, во внимание к более чем 40-летнему служению Церкви в архиерейском сане, митрополит Мануил был награжден правом ношения двух панагий.
Скончался владыка в 1968 году. Погребен в Покровском кафедральном соборе Куйбышева.
«С душевной скорбью воспринята весть о кончине преосвященного Мануила. Выражаю искренне сердечное соболезнование пастырям, пасомым и всем, знавшим и почитавшим почившего как архипастыря, отдавшего полвека на усердное служение Церкви Божией. Да упокоит Господь в селении праведных душу верного раба Своего, о чем наши общие усердные молитвы». Алексий, Патриарх Московский и всея Руси.
Теперь сколько угодно можно судить о личности митрополита Мануила, однако остается фактом то, что он настоящим стал ангелом-хранителем для Куйбышевской и Ульяновской епархий.