В миру Соколов Иван Александрович, родился 1 января 1877 г. в городе Дмитров Московской губернии в бедной семье провинциального диакона. Отец мальчика умер за четыре месяца до его рождения, а когда ему исполнилось 10 лет умерла и его мать.
Осиротевшего мальчика отвезли в Николо-Перервинский монастырь, где он окончил Перервинское духовное училище.
В 1897 году окончил Московскую духовную семинарию и был определен учителем в Угрешском монастыре.
В 1901 году женился и был рукоположен во священника.
С 1902 по 1918 год – законоучитель мужской казенной (№2) и женской частной гимназий, а также городских училищ в Москве.
С 1908 по 1912 год учился в Московском археологическом институте, который окончил со званием “ученый археолог” и присуждением золотой медали за диссертацию на тему “Об особенностях богослужебных чинов Русской Церкви до XVII века по крюковым и нотным книгам”.
В 1915 году овдовел.
После запрещения преподавания Закона Божия был определен священником на приход.
В 1918 году служил в храме при Георгиевском монастыре на Большой Дмитровке.
С момента установления Советской власти поступает на пищевую фабрику №10, где служил до 1922 года.
В 1919 г. стал настоятелем одного из московских храмов и благочинным 2-го отделения Никитского сорока (округа) Москвы и возведен в сан протоиерея. В это время была создана Государственная комиссия по охране памятников старины, и о.Иоанн был приглашен в нее как ученый археолог.
С 1924 года – благочинный в Москве.
9 октября 1928 года пострижен в монашество.
11 октября 1928 года был хиротонисан во епископа Орехово-Зуевского, викария Московской епархии.
С 8 октября 1929 года – епископ Кимрский, викарий Калининской епархии.
С 30 марта 1931 года – епископ Орехово-Зуевский, викарий Московской епархии.
С 14 мая 1934 года – епископ Подольский, викарий Московской епархии.
С 4 сентября 1934 года – епископ Егорьевский, викарий Московской епархии.
С января по 1 августа 1936 года – епископ Волоколамский, викарий Московской епархии.
С 30 июля 1936 года временно управлял Брянский епархией.
С октября 1936 года временно управлял Вологодской епархией.
Духовенство Вологды было убеждено, что епископ Иоанн является секретным сотрудником НКВД. 26 июня 1937 года на всенощную под праздник Всех святых епископ Иоанн прибыл в храм Рождества Богородицы Настоятель храма протоиерей Константин Богословский, подойдя к архиерею, сказал: “Согласно каноническим правилам… мы вас архиереем не считаем”. И отошел от владыки. Никто из стоявших в алтаре священников и членов причта не подошел к епископу взять благословение, всю службу он тихо простоял в алтаре, а затем незаметно покинул Вологду и поехал на новое место назначения в Архангельск .
С 23 мая 1937 года – епископ Архангельский.
21 января 1938 года возведен в сан архиепископа.
В 1938 году был арестован. Освобожден при общем пересмотре многих следственных дел после отстранения от руководства НКВД Н. И. Ежова. Поселился как частное лицо у родственников на даче под Москвой. По некоторым данным в 1939-1942 годы владыка состоял временно управляющим Ивановской епархией .
В октябре 1941 года во время эвакуации Патриархии в Ульяновск выехал вместе с митрополитом Сергием (Страгородским) в качестве его личного духовника.
Не позднее 24 ноября того года был определен архиепископом Ульяновским .
С 14 августа 1942 года – архиепископ Ярославский и Ростовский с управлением также приходами Костромской епархии . 8 марта 1943 года ему было также поручено временное управление Ивановской епархией.
8 сентября 1943 года был участником Собора Русской Православной Церкви.
12 февраля 1944 года был переведён на Киевскую и Галицкую кафедру, назначен экзархом Украины с возведением в сан митрополита.
С 8 по 18 июля 1948 год был участником церковных торжеств по случаю 500-летия автокефалии Русской Православной Церкви. Соучаствовал в совещаниях патриархов и представителей автокефальных Православных Церквей.
Трудился над воссоединением с Русской Церковью греко-католиков западных областей Украины и Закарпатья. После немецко-фашистской окупации церковно-административная жизнь на Украине находилась в состоянии полной дезорганизации, храмы были разрушены или запущены, сама Украинская Церковь еще была раздираема расколами, церковный мир был нарушен смутой, священнослужителей было мало, а митрополит Иоанн был единственным архиереем патриаршей ориентации на всей Украине. Благодаря его трудам и заботам и личному такту все церковные распри и споры прекратились и в Церкви на Украине водворился мир.
Вспоминая о том времени, владыка Иоанн говорил: “Работать приходилось много, очень много. Редко-редко когда удавалось лечь спать раньше 2-3 часов ночи. Так трудиться не приходилось и в молодости”.
Усилиями митрополита Иоанна был восстановлен и реставрирован Владимирский кафедральный собор.
Архиерейские служения владыки Иоанна отличались особой молитвенностью и, сопровождаемые живым простым и глубоким назидательным словом, всегда привлекали большое число молящихся. Владыка Иоанн часто служил в различных монастырях и церквах Украины.
30 марта 1964 г. уволен на покой по болезни.
На покое жил на окраине Киева, в Святошино, ведя строгую иноческую жизнь. Чувствуя приближение смерти владыка Иоанн достойно и по-христиански готовился к ней: он исповедовался и причащался Божественных Христовых Тайн. Перед кончиной он простился со всеми родными и близкими, благословил их.
Скончался 29 марта 1968 г. Похоронен в Киеве на Байковом кладбище.
Как церковно-административный деятель был требовательным и строгим в соблюдении церковных правил и канонов.
Сам испытав и пережив все тяготы бедности и раннего сиротства владыка Иоанн был сострадателен и особенно милостив ко всем обездоленным и нуждающимся. Он был исключительно искренен и доверчив. Личное общение с владыкой Иоанном всегда оставляло неизгладимое впечатление. Владыка много читал, имел широкие разносторонние познания и большой духовный и жизненный опыт, до последних дней своей жизни сохранил замечательную память. При всех своих достоинствах и многих заслугах он оставался очень скромным. Когда в актовом зале Московской духовной академии ему было объявлено об избрании почетным членом Академии, владыка был этим крайне смущен, считая, что он не имеет никаких особых заслуг в области богословской науки.